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そうですね、他の方の回答にもあるように、建てるお家の趣味思考によって変わりますし、人気というより、その建築会社が得意としている無垢材だから数多く出るというのもあると思います。（大量仕入れ等によってコストを下げてお客様に提供している等）
私達の会社で良く好まれるのは、コストバランスも良いメイプルやパインが多いですね。
若い方でモダンなタイプのお家が好きな方はウォールナットなども人気です。

無垢といっても、桧や杉・竹など色々ありますが、先ずは、使用用途だと思います、材料により適している場所用途適正等、でお考えいただく方が良いと思います。

人気と言うよりは、どのような家造りにするか、和風・洋風・プロバンス風・古民家風などにより選択肢が変わると思います。
種類としては、パイン・ナラ・カバ・メープル・バンブー（竹）・ローズウット・ウーオールナット・チーク・カリン・ウリン・などなど、産地（国）により、色・木目・質感などが異なり又仕上げ方によっても変わります、ウレタン仕上・自然塗料仕上げ・蜜蝋仕上げ・着色をする/しないなど。
無垢材については、お近くの知識の豊富な工務店・ビルダーさんなどに相談するのが良いでしょう。
後は予算の範囲で良いものを選んでください。

無垢ﾌﾛｰﾘﾝｸﾞの種類はかなりたくさんあります。現在当社で使用しているﾌﾛｰﾘﾝｸﾞは、杉15?（節あり）・20?（上小）・桧15?（節あり・上小）ﾚｯﾄﾞﾊﾟｲﾝ15?（節あり）材に自然塗料2回塗を使用しています。
ﾒﾝﾃﾅﾝｽは必要ですが、完成時が最高の状態の新建材ﾌﾛｱｰは劣化をたどる一方ですが、無垢ﾌﾛｰﾘﾝｸﾞは手を掛けるほど愛着がでてきます。
ﾒﾝﾃﾅﾝｽはちょっと？という方には、杉・桧・カバ・桜・竹・チーク・メープル・カリン・栗などの塗装品がお勧めです。ただし、無塗装品に比べて、足ざわりは冷たくなりますが、ｷｽﾞに対しては強くなります。
お互いに長所、短所があります、くわしくはお問い合わせ下さい。

最近パインフローリング希望の方が多い見たいです。
特徴は大きくて柔らかな木目と節があります。軟らかいのでダックスなど犬のペットを飼っているお客様から依頼がありました足にやさしい素材になっているからですね。
水目桜のフローリングは節がなく、木目が非常にキレイで、傷にも強いですね。
栗フローリングは昔は家の土台にも使われていたほど水に強い木です。桜と同様で傷にも強いフローリングです。水廻りや湿気の多い部屋に使うと非常に効果的です。和モダンがお好きな方にはぜひおすすめですね。

最近、人気があるのは、ナラ材、カヴァ材、ヒノキ材、パイン材などです。個人的には、ボードの竹のフローリング、チーク、楢が
人気のように感じています。
あまりお役に立てなかったと思いますが。
ご不明な点は、何なりとお聞きください。

健康住宅ということで、自然素材をふんだんに使った家作りがよくされています。この、自然素材住宅というときに使われるのが、杉や桧などの節がたくさんある表面塗装のされていないものが良く使われます。塗装をしていないと、汚れがつきやすいため、自然素材の塗料とか、ワックスを使って汚れ防止をしています。後々のメンテナンスは自分でしないといけませんので、手間はかかりますが愛着はわくと思います。
また、そこまで手をかけたくないというときは、外国からの輸入のフローリングが一般的で、明るくしたいときは、サクラ、メープル。濃い色でしたいときは、チーク、着色のナラ、ケンパスなどを使います。
無垢は使う人の目的で選ぶ対象が変わってきます。

一般的なものはパイン材です。他にもオーク（楢）やチーク、カリンながあります。また、エコロジーな素材として竹のフローリングもあり、抗菌効果があるので、洗面室などにも施工可能です。

一般的にはナラ、カバ材が良く使われていますが、最近では色の濃い床材が人気でチークやカリンが使われています。ただし、カリンはこのところ手に入りにくく、価格も倍近くに跳ね上がっていてウォールナットやローズウッドと変わらないほど高価です。とは言え無垢材は販売ルートによっては高品質のものを良心的な価格で仕入れることが可能ですので、相場を鵜呑みにしない方が良いと思います。

あくまで個人的な意見ではございますが、幅の広いオークやパインの無垢が好きです。　飽きがこなく、年数が立つほどに味がでてきますので、あえて古いパインの無垢材を探して施工されるお客様もいるそうです。　http://www.hamaya-ls.com/sekoujirei%201%20oita%20stei.html
こちらの住宅はパインの幅の広いのを使用しております。　種類だけでなく幅の違いでイメージにかなり違いがでますね。　どうぞご参考になりましたら幸いです。

長崎県では
桜・ナラ・檜・杉などが主流です。
知り合いの工務店では、健康住宅に特化し飫肥杉（うずくりと呼んでいる）のみを使用しています。

『無垢屋』
http://mukuya.jp/
ここのサイトを参考にされてみては？

桜、桧、杉、ナラ、パイン、松、栗等色々と種類はありますが、当社では良く桜、桧、杉などを使い、お客様の反響も良く、気に入って頂けています。